Gracias a Ricardo Linero Torres, he comprobado el sistema de persistencia solucionando un par de molestos bugs.
Uno de ellos hacía que no todos los objetos de grabaran en un vector (a no ser que uno de ellos fuera un primitivo).
El segundo hacía que la máquina reventara en ciertas situaciones en las que tenía que recuperarse de errores en el almacenamiento persistente (como en Windows 2000 o XP, donde los directorios pueden tener permisos distintos del que ejecuta el proceso).
Ahora la máquina es mucho más estable.
